A gazdaságos üzemeltetést szolgálja az AquaPalota hőszivattyús rendszere. A gyógyvizes medencék napközbeni, illetve nap végén történő leürítésekor a vizet nem az Élővíz-csatornába engedik, hanem a létesítmény pinceszintjén kialakított 1000 köbméteres melegvíz-tározókba. A hőszivattyús rendszerrel ezekből kinyert hővel fűtik az AquaPalota légterét, illetve medencéinek vizét. A hosszú távú fenntarthatósághoz járul hozzá az épület légtechnikája.